叶面肥的广泛施用给农业发展带来巨大的改变，尤其是大型种植园进行快速高效的叶面喷施方法，但是任何事物总有它的不足之处，叶面肥也一样，具体不足如下：

（1）效果短暂，需要间隔性施肥，叶面肥为水溶性叶面喷施型肥料，保持肥效时间短，一般间隔时间为7-10天喷施一次。

（2）叶面停留时间短，由于叶片表面的疏水性，喷施到叶片表面的养分溶液易于滑落流失，而且很容易受到气候的影响。

（3）由于叶面肥发挥较大的作用为作物生长 提供各种微量元素，不可将叶面肥当做底肥来实行，应当建立在施足底肥的基础上进行有效追肥。

（4）某些矿质元素，尤其是移动性差的元素，从吸收部位（主要是成熟叶片）向作物其他部位的转移率较低，例如钙。

（5）施用不当对作物造成损伤，叶面肥多为浓缩型原液，施用时需要进行兑水稀释，如果不能很好的掌握其浓度很容易造成养分过剩，或者对作物生长造成损伤。