農作物秸稈一直秋收后難處理的問題之一，大面積焚燒成為較快捷的方法，但大面積焚燒給環境打來巨大危害，同時臨近高速公路段給行車帶來很多的隱患，為此，南京相關部門積極響應國家農作物秸稈綜合利用補貼政策，及時治理秸稈焚燒問題。

（1）田間秸稈粉碎補貼，秋收后對于農田秸稈粉碎補貼去年省、市補貼合計15元/畝，今年提高到20元/畝，區里還要配套補20元/畝。據悉，棲霞區今年將配套補30元/畝，全市較高。

（2）農機補貼，針對購買秸稈還田、利用的機械設備同樣有補貼，購買拖拉機、收割機、還田機等，實際作業面積超過3000畝，可憑借機械設備的發票，加上作業合同，就能申請補貼。

（3）處理秸稈企業補貼，2014年南京對于秸稈規模化加工利用企業推出補貼政策，新建的秸稈收儲利用中心，需要有倉儲、管理用房等，占地8畝以上，有1臺秸稈切碎機等設備，每個拿到20萬元補貼。

（4）秸稈能源化補貼，南京對于秸稈能源化利用項目前期設備投入都較大，南京市將在省里補貼設備購置費用30%的基礎上，另外補足到50%，省里沒有補貼的，市級單獨給購置費50%的補助。秸稈氣化站只要正常運營，每個可拿到2萬元補貼。

    2014年農作物秸稈綜合補貼從秸稈還田、加工利用以及購買機械等多方著手進行補貼，并建立監測監測記錄，對于出現衛星監測火點、巡查火點和焚燒痕跡記錄的村（社區），一票否決，下一年度市級秸稈綜合利用的補貼一分錢不給，農業生態補償資金也取消，嚴格的規定標準使得南京有效落實農作物秸稈綜合利用補貼政策。